STORY

扉が開かれ、黄金の刻印が星を切り裂く。

21世紀初頭、ゴジラに地球を奪われた人類は、一部の人類を他恒星系への移住に送り出すも、計画は失敗に終わる。失意のまま地球へと帰還した人類を待ち受けたのは、二万年後の変わり果てた姿になった地球だった。

あらゆる動植物がゴジラ細胞を持つ＜怪獣惑星＞と化した地球。そこに君臨するのは体高300mを超える史上最大のゴジラ＜ゴジラ・アース＞だった。

ゴジラ討伐に執念を燃やす主人公ハルオは、人類の遠い子孫である種族フツアと出会う。ハルオたちは、フツアの双子の姉妹マイナとミアナの導きにより対G決戦兵器・メカゴジラの残骸が、増殖を続けていることを発見。残骸を構成するナノメタルを使って武装要塞都市＜メカゴジラシティ＞を起動させ、＜ゴジラ・アース＞に挑む。

この作戦の中、かねてより共存してきた異星人種族の一つビルサルドと人間たちとの亀裂が表面化する。ビルサルドのリーダー・ガルグの「ゴジラを倒すならば“ヒト”を超えた存在へ」という信念に対し、ハルオは「怪獣を倒すために自らも怪獣になってはいけない、“人”として打ち勝つべき」という信念を捨てられなかった。ついには、＜ゴジラ・アース＞を倒す唯一のチャンスを捨て、ハルオはガルグを葬ってしまう。一方、ハルオの幼馴染であるユウコはビルサルドによる人体の強制ナノメタル化により、脳死状態に陥ってしまった。

人間たちに広がる敗北感と虚無感。もう一方の異星人、宗教種族エクシフの大司教・メトフィエスは、ハルオが戦いに生き延びたことは“奇跡”だと唱え、信者を増やしていく。それはエクシフが秘め隠してきた“究極の目的”のためだった。そんなメトフィエスを警戒するミアナとマイナ。そして、ハルオは、自らが“人”として何を為すべきかを自問する。
やがて、＜ゴジラ・アース＞を打ち倒す者がいなくなった地球に、金色の閃光を纏った＜ギドラ＞が降臨し、天地を揺るがす超次元の戦いが始まる。

“ゴジラ”とは何か。“人”が為すべきことは何か。ハルオが目にする未来とは————。
最終章で、そのすべてが明らかになる。